Com a aliança do presidente Jair Bolsonaro (PL) com os partidos do Centrão, cinco ministérios e a AGU (Advocacia-Geral da União) acabaram passando por mudanças no comando - incluindo com a recriação do Ministério do Trabalho e Previdência para acomodar o aliado de Bolsonaro, Onyx Lorenzoni (DEM/RS).
Durante o ano, Lorenzoni ocupou os ministérios da Cidadania, a Secretaria-Geral da Presidência e o Ministério do Trabalho e Previdência Social. O general Luiz Eduardo Ramos, amigo de longa data de Bolsonaro, ocupou somente em 2021 a Secretaria de Governo, a Casa Civil e a Secretaria-Geral da Presidência, cargo que ocupa atualmente. A Casa Civil está nas mãos de Ciro Nogueira (PP-PI).
Na chefia do Ministério da Defesa, o general Walter Braga Netto (que ocupava a Casa Civil) substituiu o general Fernando Azevedo e Silva após a recusa do agora ex-ministro em trocar o comando do Exército, o que teria irritado Bolsonaro.
Vídeo: O que está por trás da demissão de Azevedo e Silva na Defesa
O presidente cobrava demonstrações públicas de apoio das Forças Armadas ao governo, pedido que nunca foi atendido pelo então Comandante do Exército, general Edson Pujol. Com isso, Bolsonaro determinou a mudança do comando das Forças Armadas - foi a primeira vez, desde 1985, que os comandantes das três Forças deixaram o cargo ao mesmo tempo.
Outras três mudanças de ministros, resultado da pressão política, marcaram o alto escalão, mas não resultaram em alterações na elaboração e na execução das políticas públicas do governo Bolsonaro.
O general Eduardo Pazzuelo foi substituído pelo médico Marcelo Queiroga após a sua controversa condução na pandemia da covid-19; Carlos Alberto Franco França substituiu Ernesto Araújo no comando do Ministério de Relações Exteriores após cobranças de integrantes do Congresso Nacional e de representantes do próprio Itamaraty; no Ministério do Meio Ambiente, Joaquim Álvaro Pereira Leite substituiu Ricardo Salles, alvo de investigações.
O pastor evangélico e jurista André Mendonça deixou o Ministério da Justiça e retornou para a AGU até ser indicado para a vaga de Marco Aurélio Mello no STF (Supremo Tribunal Federal). Após longa espera pela sabatina do Congresso, ele foi aprovado e empossado em dezembro.
